El CDTI com a gestor de FEDER a partir de la ronda 2007-2013, va dissenyar un instrument de caràcter regional per potenciar la generació de capacitats innovadores a les regions menys desenvolupades a través del finançament de projectes de desenvolupament experimental realitzats mitjançant consorcis empresarials : FEDER Innterconnecta.

Mitjançant aquest instrument, el CDTI ha volgut impulsar la cooperació en l'àmbit regional, la realització de projectes orientats a les necessitats de les regions i la generació de capacitats innovadores que fomentin una cohesió territorial més gran.

Les convocatòries de FEDER Innterconecta compten amb el cofinançament de FEDER a través dels diferents Programes Operatius en què el CDTI ha estat Organisme Intermedi.

A la ronda 2014-2020, les convocatòries es cofinançaran a través del Programa Operatiu Pluri-Regional de Creixement Intel·ligent< /a>.