El CDTI como gestor de FEDER a partir de la ronda 2007-2013, diseñó un instrumento de carácter regional para potenciar la generación de capacidades innovadoras en las regiones menos desarrolladas a través de la financiación de proyectos de desarrollo experimental realizados mediante consorcios empresariales: FEDER Innterconecta.

Mediante este instrumento, el CDTI ha querido impulsar la cooperación en el ámbito regional, la realización de proyectos orientados a las necesidades de las regiones y la generación de capacidades innovadoras que fomenten una mayor cohesión territorial.

Las convocatorias de FEDER Innterconecta cuentan con la cofinanciación de FEDER a través de los distintos Programas Operativos en los que el CDTI ha sido Organismo Intermedio.

En la ronda 2014-2020, las convocatorias se cofinanciarán a través del Programa Operativo Pluri-Regional de Crecimiento Inteligente.