O CDTI como xestor de FEDER a partir da rolda 2007-2013, deseñou un instrumento de carácter rexional para potenciar a xeración de capacidades innovadoras nas rexións menos desenvolvidas a través do financiamento de proxectos de desenvolvemento experimental realizados mediante consorcios empresariais: FEDER Innterconecta.

Mediante este instrumento, o CDTI quixo impulsar a cooperación no ámbito rexional, a realización de proxectos orientados ás necesidades das rexións e a xeración de capacidades innovadoras que fomenten unha maior cohesión territorial.

As convocatorias de FEDER Innterconecta contan co cofinanciamento de FEDER a través dos distintos Programas Operativos nos que o CDTI foi Organismo Intermedio.

Na rolda 2014-2020, as convocatorias cofinanciaranse a través do Programa Operativo Plurirexional de Crecemento Intelixente.