El CDTI com a gestor de FEDER a partir de la ronda 2007-2013, va dissenyar un instrument de caràcter regional per a potenciar la generació de capacitats innovadores en les regions menys desenvolupades a través del finançament de projectes de desenvolupament experimental realitzats mitjançant consorcis empresarials: FEDER Innterconecta.

Mitjançant este instrument, el CDTI ha volgut impulsar la cooperació en l'àmbit regional, la realització de projectes orientats a les necessitats de les regions i la generació de capacitats innovadores que fomenten una major cohesió territorial.

Les convocatòries de FEDER Innterconecta compten amb el cofinançament de FEDER a través dels diferents Programes Operatius en els quals el CDTI ha sigut Organisme Intermedi.

En la ronda 2014-2020, les convocatòries es cofinançaran a través del Programa Operatiu Pluri-Regional de Creixement Intel·ligent.